實驗室排水系統應該根據相應的排出廢水的性質、成份和受污程度來進行設置。有害物質的排放要符合相應的國家標準，因此，對于有害物質要先進行一定的處理才可排出。甚至要設置獨立排水的管道進行局部處理，方可排入室外的排水管網。而對于一些含有無害的膠狀物體、懸浮物體或設備冷卻水，因其受污并不嚴重，可以直接排放到室外的排水管網。但是，如果這些廢水要進行重復使用的話，則要進行相應的處理。 
排水管道的設置同樣需要進行合理的布局，轉角盡量少，以防止雜質堵塞，在安排上要相對集中，這樣就便于出現故障后的維修。排管時要盡量沿著走道、柱角、墻壁、天棚等，但要注意，避免穿過精密儀器室等衛生安全需求較高的實驗室。主管道應盡量安排在靠近雜質較多、排水量較大的設備的位置。